Вообщем на сколько я понял, то в базе время сообщения в формате time(). Значит перед тем как добавить новое сообщение, нужно сделать проверку
Код:
$query=mysql_fetch_array(mysql_query("SELECT date FROM chat where login='$user_login' ORDER by date DESC LIMIT 1"));
if ( $query['date']-time()>=3 ) {
//заносим сообщение в чат
} else {
// сообщаем о флуде
}
Вроде так
//Едитед